Sebelum menghembuskan nafasnya, Amangkurat I memerintahkan kepada Raden Mas Rahmat atau Amangkurat II untuk menggantikannya sebagai raja namun keinginan itu ditolak oleh Amangkurat II. Maka Amangkurat I menunjuk Pangeran Puger untuk menggantikan kedudukannya.
Namun dalam perjalanan waktu, Amangkurat II berubah pikiran. Ia ingin merebut tahta dari Pangeran Puger. Amangkurat II kemudian menobatkan dirinya sebagai raja. Pangeran Puger berangkat ke Plered dan berhasil mendudukinya. Dengan demikian Kerajaan Mataram Islam saat itu memiliki 2 (dua) raja yaitu Amangkurat II yang berkeraton di Kartasura, dan Pangeran Puger yang berkeraton di Plered. Amangkurat II kemudian bekerja sama dengan VOC untuk menyerang Plered. Kota itu menjadi ajang perang saudara di mana pada akhirnya Pangeran Puger berhasil ditaklukkan. Namun keberhasilan itu harus dibayar mahal karena terdapat perjanjian dengan VOC di mana jika VOC mampu mengalahkan musuh-musuh Amangkurat II maka VOC berhak mendapatkan monopoli dan memungut pajak di sepanjang pantai utara Jawa. Perjanjian itu dilakukan di bulan September 1676 di Benteng Fort XIV, Jepara, di mana pihak VOC diwakili oleh Cornelis Janzoon Speelman.
Tentara VOC bersama pasukan Amangkurat II menyerang Kediri dan menguasainya pada tanggal 25 November 1678. Trunojoyo dan pasukannya melarikan diri dan pada akhir tahun 1679, Trunojoyo tertangkap yang kemudian diserahkan kepada Amangkurat II dan pada tanggal 2 Januari 1680, trunojoyo dieksekusi mati oleh Amangkurat II yang menandai berakhirnya pemberontakan Trunojoyo.
Pada bulan September 1680, Amangkurat II membangun keraton baru di desa Wanakerta di mana keraton ini kemudian dikenal sebagai Keraton Kartasura. Pangeran Puger yang saat itu berada di Plered menolak bergabung dengan Amangkurat II karena menurutnya, Amangkurat II bukanlah Raden Mas Rahmat namun kepanjangan tangan Cornelis Speelman. Sebab Amangkurat II selalu memakai pakaian dinas militer ala Eropa sehingga diberi julukan Sunan Amral (dari kata Admiral). Perselisihan itu akhirnya meletus pada bulan November 1680. Babad Tanah Jawi menyebutnya sebagai perang antara Mataram dan Kartasura.
Setelah penumpasan pemberontakan Trunojoyo selesai, Mataram harus kehilangan beberapa daerah kekuasaannya seperti Karawang, sebagian Priangan, dan Semarang. Daerah kekuasaan mataram menjadi semakin sempit pasca pemberontakan Untung Surapati pada tahun 1705. Disusul pemberontakan Cina, seluruh daerah pantai utara Jawa dan Pulau Madura dikuasai Belanda. Dan setelah itu, Mataram benar-benar berada di bawah pengaruh Belanda. Salah satunya dengan adanya Perjanjian Giyanti di mana Mataram dipecah menjadi dua: Surakarta dan Yogyakarta. Sampai kemudian pecah kembali sehingga sampai saat ini terdapat 4 (empat) wilayah kekuasaan: Yogyakarta, Surakarta, Mangkunegaran, dan Pakualaman.
